一、内设机构

　　合肥海关下设15个正处级内设机构：办公室（党委办公室）、法规处、综合业务处、关税处、卫生检疫处、动植物检疫处、进出口食品安全处、商品检验处、口岸监管处、统计分析处、企业管理和稽查处、财务处、科技处、督察内审处、人事教育处（党委组织部）。

　　另设立机关党委（思想政治工作办公室、党委宣传部、党委巡察工作办公室）、监察室（党委纪检组）、离退休干部办公室等3个正处级机构。

　　二、隶属海关单位

　　合肥海关下设正处级隶属海关单位18个：合肥新桥机场海关、庐州海关（下设副处级驻邮局办事处）、芜湖海关、安庆海关、马鞍山海关、黄山海关、蚌埠海关、铜陵海关、阜阳海关、池州海关、滁州海关、宣城海关、宿州海关、淮北海关、淮南海关、六安海关、亳州海关、合肥海关风险防控分局。